Montagem de Genomas Bacterianos

O processo de montagem de genomas é composto pelas etapas de tratamentos de dados, geraçăo de "contigs" e finalizaçăo da montagem, que consiste na orientaçăo e ordenaçăo das sequęncias com ou sem o uso de uma referęncia. Apesar da existęncia de várias ferramentas para a execuçăo da montagem, as etapas necessitam de adaptaçőes para tratar dados de sequenciadores de próxima geraçăo - NGS, caracterizados pela geraçăo de grande quantidade de dados, bem como a reduçăo do tamanho da leitura quando comparado com a metodologia de Sanger. Desta forma, este trabalho apresenta as ferramentas "Quality Assessment" para análise e filtro de qualidade de dados NGS, "Simplifier" para eliminar a redundância de sequęncias quando se utiliza abordagens hibridas de montagem com diferentes algoritmos ou plataformas de sequenciamento, e "Graphical Contig Analyzer for All Sequencing Platforms" - G4ALL para a orientaçăo e ordenaçăo dos "contigs" baseado em um genoma de referęncia, as quais objetivam otimizar o processo de montagem para dados NGS, possibilitando análises mais precisas além da reduçăo de tempo de processamento, desde o tratamento dos dados até a etapa de geraçăo do "draft" do genoma.